【噬纪家园】2.2万突变定位噬菌体宿主选择关键位点；首次发现可直接感染候选门辐射细菌的噬菌体；澳大利亚噬菌体GMP三年豁免正式生效

【噬纪家园】

知噬分子

2026年9月

第

177

期

一周要闻抢先看

【行业进展】德国噬菌体新锐Phagestack获投资扩建噬菌体研发平台；首次在无细胞体系中直接测序T7噬菌体转录组；EMA拟收紧兽用抗菌药预防性使用要求；澳大利亚噬菌体GMP三年豁免正式生效；FORMPHAGE攻关噬菌体药物稳定性与标准化

【科研进展】2.2万种突变定位噬菌体宿主选择关键位点；首次发现可直接感染候选门辐射细菌的噬菌体；噬菌体辅助进化提升非天然酪氨酸合成效率；噬菌体辅助治疗山羊葡萄球菌假体关节感染；菌落空间距离决定耐药质粒传播程度

01 行业进展

德国噬菌体新锐Phagestack 获投资扩建噬菌体研发平台

德国生物技术初创公司 Phagestack 获得 NRW.BANK 旗下 NRW.SeedCon 项目投资，并在 BioCampus Cologne 启用自有实验室。Phagestack 将机器学习、数据库与实验研究结合，开发针对特定有害细菌的抗菌解决方案，重点包括噬菌体。新实验室使公司能够从数据筛选进一步延伸至候选物实验验证，并开展定制噬菌体分离与表征、体外筛选、基因组验证及生物制剂生产相关服务，以推进针对抗生素耐药性的精准抗菌技术开发。

首次在无细胞体系中直接测序 T7噬菌体转录组

近日，法国 Micalis研究所与 MaIAGE 团队建立无细胞转录组学方法，并将其用于T7噬菌体全基因组表达研究。针对无细胞体系mRNA产量过低、难以开展转录组分析的问题，团队从超过160万种缓冲液组合中实际测试653种，将mRNA产量提高20倍。在此基础上，研究人员在无活细胞条件下表达了约4万碱基对的完整T7噬菌体基因组，并首次在无细胞体系中通过纳米孔技术实现直接RNA测序，进而分析T7噬菌体转录组。该方法为在可控环境中解析噬菌体等微生物的全基因组表达调控提供了新工具。

EMA拟收紧兽用抗菌药预防性使用要求

欧洲药品管理局（EMA）兽用药品委员会通过一份概念文件，拟修订含抗微生物药物兽药的产品信息指南，并启动为期3个月的公众咨询。此次修订重点针对抗菌药的预防性和群体预防性使用，拟将欧盟现行法规中的相关限制转化为更加明确、统一的产品信息表述，以指导兽医合理使用抗菌药。EMA表示，此举旨在使产品信息与现行法规保持一致，并支持负责任使用抗微生物药物、降低耐药性风险。

澳大利亚噬菌体GMP三年豁免正式生效

澳大利亚药品管理局（TGA）宣布，针对在澳大利亚境内生产、用于特定患者或少量患者的小批量噬菌体治疗产品，为期3年的药品生产质量管理规范（GMP）豁免已于2026年9月8日正式生效，有效至2029年9月7日。该措施是在2025年底公众咨询后通过法规修订确定，适用于符合条件的小批量噬菌体治疗产品生产。TGA指出，噬菌体可用于治疗抗生素耐药感染，或用于无法接受抗生素治疗的患者。

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澳大利亚噬菌体产品3年GMP豁免正式生效

FORMPHAGE攻关噬菌体药物稳定性与标准化

德国 FORMPHAGE 项目正重点解决噬菌体治疗走向实际用药所面临的安全性、标准化和储存稳定性问题。项目总投入68.69万欧元，由法兰克福歌德大学与 Central Apotheke Steinbach 合作开展。前者负责筛选适用于难治性细菌感染的噬菌体，后者将其开发为符合高质量和安全标准的药物剂型，并在自有无菌实验室生产。项目最终目标是获得稳定、便于患者使用的噬菌体制剂，并进一步开发吸入或注射等给药形式，推动噬菌体治疗从实验应用走向可实际使用的药物。

02 科研进展

No.1 Sci. Adv.

Srivatsan Raman 团队

2.2万种突变定位噬菌体宿主选择关键位点

近日，来自威斯康星大学麦迪逊分校的Raman团队通过深度突变扫描(DMS)，系统研究决定噬菌体宿主范围的分子基础。研究人员针对大肠杆菌K1噬菌体K1F的荚膜降解尾刺蛋白(TSP)设计22365种单氨基酸突变，并在5株K1大肠杆菌中进行筛选。结果发现，决定宿主区分的关键位点并非集中于传统认为的底物结合区域，而是分布于尾刺蛋白多个结构区域；即使面对相同K1荚膜血清型的菌株，不同突变也可产生不同感染表现。进一步分析表明，荚膜差异和O抗原会影响这种宿主选择。该研究绘制了噬菌体尾刺蛋白的系统功能图谱，为定向调节噬菌体宿主范围提供了实验依据。

doi:10.1126/sciadv.aed3641

No.2 PNAS

Pu-Ting Dong/Xuesong He 团队

首次发现可直接感染候选门辐射细菌的噬菌体

近日，来自美国石溪大学(Stony Brook University)和ADA Forsyth研究所的团队首次通过实验证实噬菌体可直接感染候选门辐射(Candidate Phyla Radiation, CPR)细菌。 CPR是一大类基因组高度精简、代谢能力有限的超小型细菌，许多成员必须依附其他细菌生存；尽管其基因组中早已发现抗噬菌体防御系统，此前却一直没有噬菌体被分离并实验证实能够直接感染CPR细菌。研究以首个可培养CPR细菌TM7x及其口腔宿主菌XH001为模型。TM7x依附XH001生长时，会促进XH001携带的前噬菌体Xhp1释放；令人意外的是，Xhp1还能反过来感染TM7x：约80%的TM7x可结合Xhp1，30min后游离噬菌体减少75%，并在少量TM7x细胞内观察到噬菌体复制和细胞裂解。这项研究将过去主要来自基因组分析的“CPR可能遭受噬菌体感染”推测变成了直接实验证据，并表明噬菌体还可介入CPR细菌与其宿主之间的共生关系。

doi:10.1073/pnas.2615890123

No.3 PNAS

Tina Wang 团队

噬菌体辅助进化提升非天然酪氨酸合成效率

近日，来自美国威斯康星大学麦迪逊分校的Tina Wang团队利用噬菌体辅助进化，在大肠杆菌中定向改造非天然氨基酸合成酶。非天然氨基酸可为蛋白质引入自然界常见20种氨基酸之外的新化学功能，但价格、细胞摄取及胞内合成效率限制了其应用。研究将酶活性与噬菌体繁殖能力挂钩，使合成目标产物能力更强的酶在连续进化中被快速富集。进化后的酪氨酸苯酚裂解酶使昂贵的3-甲氧基酪氨酸产量提高约1倍，并获得了亲本酶原本无法在细胞内合成3-碘酪氨酸的能力；进一步进化的酪氨酸合成酶对底物的亲和能力显著提高，在低底物浓度下仍保持较高活性。研究为在细胞内快速进化非天然氨基酸合成酶提供了新方法。

doi: 10.1073/pnas.2614167123

No.4 Case Reports in Orthopedics

Sara Strecker 团队

噬菌体辅助治疗山羊葡萄球菌假体关节感染

近日，来自美国康涅狄格州哈特福德医院骨关节研究所的Sara Strecker团队报告了首例采用噬菌体治疗山羊葡萄球菌假体关节感染的病例。患者为66岁男性，右膝假体关节感染反复长达7年，此前接受二期翻修、多次清创及长期抗生素治疗仍未控制感染，并希望避免关节融合或膝上截肢。经美国FDA同情使用批准(compassionate use exemption)，医生筛选出一株与患者山羊葡萄球菌匹配的噬菌体，在再次清创并保留假体的基础上，采用关节腔注射+静脉输注噬菌体+抗生素联合治疗。治疗14天后窦道闭合、伤口愈合；4个月后患者仅有轻微疼痛，可独立行走；随访近2年未见感染复发，膝关节功能评分由42.3升至68.3。值得注意的是，患者此后仍持续接受抑制性抗生素治疗，因此该病例不能将临床缓解单独归因于噬菌体。但对于常规手术和抗生素治疗失败、又面临融合或截肢选择的顽固性假体关节感染，该病例为噬菌体作为辅助治疗提供了新的临床案例证据。

doi: 10.1155/cro/8034721

No.5 mSystems

Josep Ramoneda 等

菌落空间距离决定耐药质粒传播程度

近日，来自瑞士联邦水科学与技术研究所(Eawag)的研究团队发现，细菌菌落之间的空间距离会显著影响耐药质粒的传播。研究人员构建携带氯霉素耐药质粒pAR145的施氏假单胞菌菌落与大肠杆菌菌落，观察两者生长、碰撞后的质粒转移。结果显示，菌落发生物理接触后，耐药质粒可跨菌种进入大肠杆菌；初始距离在2.8–3.3 mm范围内时，距离越远，新形成的接合子越少。进一步建模发现，耐药质粒能否扩散并不只取决于自身的转移能力：菌落距离、质粒丢失以及碰撞边界处细菌的空间混合程度共同决定传播结果。距离越远，菌落接触前留给质粒丢失的时间越长；而携带与不携带质粒的细菌混合越充分，细胞接触机会越多，质粒传播也越明显。这一研究说明，在医疗器械、牙菌斑和伤口等由多个离散菌落组成的环境中，细菌如何排列、彼此相距多远，也可能影响耐药基因的传播，为预测空间结构环境中的耐药质粒扩散提供了定量框架。