【噬纪家园】打破认知！一个mRNA不只来自一个基因；古菌肽聚糖新结构被发现，修正50年经典模型；噬菌体蛋白酶触发细菌CBASS抗噬菌体免疫

【噬纪家园】

知噬分子

2026年10月

第

180

期

一周要闻抢先看

【行业进展】EMA将讨论可变组成噬菌体疗法监管框架；NIH投入217万美元研究“什么样的噬菌体在患者环境中真正有效”；法国推进治疗性噬菌体医疗机构内生产实践

【科研进展】炎症诱导跨基因RNA拼接产生功能性免疫蛋白；发现古菌肽聚糖新结构，修正近50年经典模型；噬菌体蛋白酶触发细菌CBASS抗噬菌体免疫；面向资源有限地区的低成本快速检测病原菌及耐药基因的方法；单步色谱实现噬菌体高效纯化，内毒素达到静脉给药要求；机器学习仅凭基因组即可预测菌株水平噬菌体-宿主互作；荚膜多糖限制原噬菌体再吸附，维持噬菌体-细菌共生

01 行业进展

EMA将讨论可变组成噬菌体疗法监管框架

10月1日，欧洲药品管理局（EMA）宣布将于10月30日召开噬菌体治疗专题研讨会，重点讨论欧盟如何监管可根据具体临床情况调整组成的噬菌体药物。欧盟新版药品立法提案已将此类“可变组成”噬菌体药物明确列入拟采用适应性监管框架的产品类别。此次会议将进一步讨论相关监管原则，并形成建议，为欧盟后续监管措施提供参考。

02 科研进展

No.1 Nature

Ruaidhrí Jackson 团队

炎症诱导跨基因RNA拼接产生功能性免疫蛋白

近日，来自哈佛医学院的Ruaidhrí Jackson团队发现，哺乳动物细胞可将不同基因产生的RNA通过反式剪接(trans-splicing)融合为嵌合mRNA(chRNA)，并进一步翻译成功能性蛋白，突破了成熟mRNA及其编码蛋白通常源自单一基因位点的传统认识。研究在小鼠巨噬细胞中鉴定出30,390种候选嵌合mRNA，其中约88%涉及不同染色体上的基因。炎症可促进亲本基因发生染色体间接触，为特异性RNA融合创造条件。研究进一步证实，Gsdmd与Tmem106a形成的嵌合mRNA可编码GSDMD–TMEM106A蛋白，该蛋白与GSDMD N端协同，加速膜孔形成并增强IL-1β释放。动物实验显示，缺失该蛋白可降低致死性脓毒症风险，却削弱抗菌防御；外源补充则增强抗菌能力，但加重脓毒症。研究表明，受调控的跨基因RNA融合可能是哺乳动物扩展蛋白质功能多样性、调节免疫反应的一种机制。

doi:10.1038/s41586-026-10982-x

No.2 Nature

Robert Smith 团队

沿用近50年的古菌细胞壁结构模型被改写

近日，巴斯德研究所团队发现首个特异性水解古菌肽聚糖(archaeal peptidoglycan, arcPG)糖链的酶ArmA，并借此重新解析了产甲烷古菌的细胞壁结构。研究发现，沿用近50年的arcPG结构模型存在关键偏差：其核心糖并非此前认为的N-乙酰塔洛糖胺糖醛酸(TalNAc)，而是一种此前未知的糖N-乙酰阿莫糖胺(N-acetylarmosamine, ArmNAc)，糖链则交替存在β(1,4)和β(1,3)糖苷键。ArmA兼具糖苷键和肽交联水解活性，在9种代表性古菌中可不同程度切割其中8种的arcPG，并定位于细胞分裂位点。研究不仅修正了延续近50年的古菌肽聚糖结构模型，还提供了研究产甲烷古菌细胞壁的新工具。

doi:10.1038/s41586-026-11028-y

No.3 Science

Samuel J. Hobbs 等

噬菌体蛋白酶触发细菌CBASS抗噬菌体免疫

近日，哈佛医学院团队揭示了细菌CBASS系统识别噬菌体感染的一种重要机制。CBASS是一类广泛存在的抗噬菌体免疫系统，可在感知感染后产生环核苷酸信号，激活下游防御反应，但多数CBASS究竟如何识别噬菌体此前并不清楚。研究发现，T4噬菌体在感染后期产生的前头部蛋白酶gp21，会直接切割CBASS核心酶CD-NTase上的激活环，从而启动免疫信号合成；破坏该激活环的关键识别位点后，CBASS对T4的防御能力下降超过100倍。进一步分析发现，约24%的CBASS操纵子具有类似机制涉及的激活环，相关结构存在于超过1300种CD-NTase中。研究表明，噬菌体成熟过程中产生的蛋白酶活性本身就是细菌识别感染的信号，解释了CBASS为何能在噬菌体感染后期及时启动防御。

DOI: 10.1126/science.aeg3949

No.4 Sci. Adv.

David J. Roach 等

面向资源有限地区的低成本快速检测病原菌及耐药基因的方法

近日，麻省总医院和Broad研究所团队开发出一种面向资源有限地区的快速、低成本细菌耐药诊断平台BADLOCK，可在约1小时内同时识别病原菌及关键耐药基因。该平台将CRISPR-Cas13a与等温扩增整合为一步反应，仅需加热模块和基础荧光检测设备，即可从阳性血培养中检测9种革兰阴性菌及blaCTX-M-15、blaKPC、blaNDM和blaOXA-484类重要耐药基因。研究基于194份临床阳性血培养样本及补充模拟样本完成2224次反应，总体准确率达97.6%。此外，BADLOCK直接检测模拟尿路感染样本的反应水平准确率达98.0%。这是SHERLOCK诊断平台首次在临床血流感染样本中得到验证，为资源有限地区快速开展病原菌及耐药性检测提供了更低成本、低设备依赖的方案。

doi:10.1126/sciadv.aeb6630

No.5 npj Viruses

Arne Echterhof 等

单步色谱实现噬菌体高效纯化，内毒素达到静脉给药要求

近日，斯坦福大学医学院团队开发出一种简单、可放大的单步噬菌体纯化方法，可在一次色谱过程中获得达到静脉治疗内毒素要求的噬菌体制剂。研究采用CIMmultus-OH整体柱和磷酸钾梯度，对5种形态、尺寸不同的铜绿假单胞菌噬菌体进行纯化，包括超大噬菌体(jumbo phage)OMKO1。结果显示，5种噬菌体的内毒素去除率达99.98%–≥99.99%，蛋白杂质去除率达99.12%–99.83%；其中3种噬菌体回收率达85%–94%，纯化后仍保持感染活性和结构完整性。按典型静脉给药剂量计算，所得制剂内毒素水平为0.0007–0.51 EU/kg，远低于FDA规定的5 EU/kg/h上限。研究还发现，噬菌体粒径和尾长与回收率密切相关，为不同噬菌体的规模化纯化工艺优化提供了依据。

doi:10.1038/s44298-026-00220-6

No.6 Nat. Microbiol.

Avery J. C. Noonan 等

机器学习仅凭基因组即可预测菌株水平噬菌体-宿主互作

近日，劳伦斯伯克利国家实验室团队开发出一种不受系统发育关系限制的机器学习框架，可仅根据基因组预测特定噬菌体能否感染特定细菌菌株，为从大型噬菌体库中快速筛选候选噬菌体提供新方法。研究整合949株细菌、518株噬菌体的115037组互作数据，在不同数据集中的AUROC达0.67–0.94；对1240组大肠杆菌-噬菌体互作进行独立实验验证，AUROC达0.84。模型还可直接指导噬菌体鸡尾酒设计，5噬菌体组合对大肠杆菌菌株的覆盖率最高达97.5%，单噬菌体筛选效果较基于广宿主性的传统策略最高提升3.1倍。该研究将噬菌体宿主预测推进至菌株水平，并突破了既往方法对特定物种、已知感染机制或系统发育关系的依赖，为精准噬菌体筛选和个体化鸡尾酒设计提供了新工具。

doi:10.1038/s41564-026-02482-5

No.7 bioRxiv

Mirjam Zünd 等

荚膜多糖限制原噬菌体再吸附，维持噬菌体-细菌共生

近日，加州大学欧文分校团队发现，细菌可利用荚膜多糖避免原噬菌体释放后“误伤”宿主群体，同时帮助子代噬菌体向外传播。研究以大肠杆菌HS及其P2样原噬菌体DuoHS为模型发现，当原噬菌体被诱导进入裂解周期后，释放的子代噬菌体可能重新吸附周围细菌；如果细菌缺少荚膜，这种再吸附会显著增加，不仅导致邻近细胞遭受裂解性攻击，还使大量病毒颗粒被细胞及裂解碎片截留，反而限制噬菌体传播。机制研究显示，荚膜可遮挡DuoHS识别的O9 O抗原受体，使子代噬菌体减少在局部重新吸附并向更远处扩散。因此，荚膜同时降低了宿主群体受到的附带攻击，并提高了原噬菌体的传播能力。作者将这一宿主介导的保护机制命名为“Hyperion效应”，揭示了细菌通过限制噬菌体过度吸附来协调双方利益、稳定原噬菌体-宿主共生的新机制。