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一篇看全2025上海噬菌体联合大会-首日
日期：2025-09-07
2025年8月22日，第八届中国噬菌体治疗大会在上海复旦大学附属中山医院举行。本次大会为期两天，聚焦噬菌体在感染防控、临床应用及产业化发展等领域的进展与挑战。大会共设8个议题，涵盖临床治疗案例、院感防控、基础与前沿研究、产业化应用等方面。会议首日围绕前4个议题展开，与会专家学者分享了最新成果和经验，为噬菌体研究与应用提供了重要的交流机会。
开幕式（主持人：郭晓奎教授-上海交通大学）
大会在复旦大学上海医学院副院长、复旦大学噬菌体研究所所长、会议共同主席朱同玉教授的致辞中正式开幕。朱同玉教授对大会的召开表示热烈祝贺，并指出噬菌体研究已纳入国家生物安全体系，成为应对细菌耐药危机的重要组成部分。他回顾了噬菌体治疗的发展历程，同时对未来两天的会议议程作了简要介绍，为大会的顺利开展奠定了基调。
在致辞环节中，中国生物技术发展中心生命科学与前沿技术处处长田金强对大会的顺利召开致以热烈祝贺。他对噬菌体在临床转化应用方面寄予深切厚望，并表示相信在未来控制耐药菌感染的道路上，噬菌体将继续发挥不可或缺的重要作用。
议题1：超级耐药细菌与院感防控（主持人： 童贻刚教授-北京化工大学，严亚贤教授-上海交通大学）
【主旨报告】高毒高耐肺炎克雷伯菌的形成及传播机制，王明贵教授，复旦大学附属华山医院
王明贵教授报告了高耐高毒肺炎克雷伯菌（CR-hvKP）的最新研究进展。他指出，在全国监测中，肺炎克雷伯菌已成为第二大临床分离菌种，其碳青霉烯耐药株比例呈快速上升趋势。CHINET数据显示，CRKP感染患者的30天全因病死率约为19%，危害极为严重。报告对比了经典型与高毒型克雷伯菌，强调二者在耐药基因和毒力质粒上的差异，并指出约87%的耐药和毒力基因位于质粒，通过水平转移导致“高耐+高毒”菌株不断涌现。2024年WHO已将CR-hvKP列为全球警示对象，提示必须加强分子检测和监测体系建设，以应对这一新兴威胁。
【主旨报告】噬菌体防控院内感染：可操作、可获益、可推广，陈立光教授，台湾花莲慈济医院
陈立光教授分享了噬菌体在院内感染防控中的实践经验，重点介绍了基于环境喷雾的标准化流程及应用效果。他提出结合噬菌体鸡尾酒、数据库分析和AI时空分析技术，可实现个性化防控，并指出该方法具有可操作、可获益和可推广的优势。同时，他强调在实际应用中，商业模式仍是推广过程中的关键难点。
基于数据驱动的噬菌体宿主范围定制，冯婕研究员，中科院微生物所
冯婕研究团队展示了基于数据驱动的噬菌体宿主范围定制策略。通过大规模裂解谱筛选，团队鉴定出关键受体结合蛋白簇，为跨荚膜型的噬菌体构建提供工具。针对碳青霉烯耐药高毒力菌株，研究团队设计了三噬菌体鸡尾酒，有效抑制耐药进化并在动物模型中清除感染。此外，他们建立了基于280个RBP的大数据框架，实现了荚膜特异性与噬菌体设计的精准对接，为合成噬菌体工程化提供了新思路。
议题2：细菌与噬菌体互作前沿基础研究（主持人： 秦金红教授-上海交通大学，孙建和教授-上海交通大学）
从临床病例谈医院感染评判，高晓东主任， 复旦大学附属中山医院感染控制科
高晓东主任从临床病例出发，系统介绍了下呼吸道、泌尿道、血流、胃肠道及手术部位感染的评判标准。他强调病原学标本的正确采集与检测在院感诊疗中的核心作用，并指出临床实践中常见的误区——如标本污染导致的假阳性、或对培养结果过度依赖而忽视临床背景。报告倡导以病原学证据为导向，结合临床症状和感染部位进行综合判断，从而提升医院感染评估的科学性与准确性。
Battle beyond membrane: Flagellum as a Conduit for Phage DNA entry and a Trigger for Bacterial Defense in Yersinia enterocolitica，王子晶博士，吉林大学
王子晶博士在会议上介绍了噬菌体X1与耶尔森菌鞭毛的互作机制。研究发现，X1利用“收缩驱动”方式，经鞭毛将DNA注入宿主细胞；与此同时，鞭毛还能触发宿主的防御反应。一些菌株在感知到X1入侵后，会依赖鞭毛马达蛋白MotAB启动毒素–抗毒素系统，引发Abortive infection，从而阻断噬菌体复制与扩散。该研究揭示了鞭毛在噬菌体感染和细菌防御中的“双重作用”，为理解细菌与噬菌体的互作提供了新视角。
RNA噬菌体罕见之谜，乐率副教授 · 陆军军医大学
乐率副教授介绍了RNA噬菌体在自然界罕见的原因。通过分离鉴定和机制研究，他提出RNA噬菌体容易受到细菌活性氧（ROS）损伤，而休眠状态下的细菌可利用ROS缓慢清除RNA噬菌体，这可能解释其稀有性。同时，他分享了RNA噬菌体在临床治疗中的探索，提示其在特定条件下仍具潜在应用价值。
丝状噬菌体Pf增强铜绿假单胞菌致病性并介导噬菌体治疗抵抗，郭云学研究员，中国科学院南海海洋研究所
郭云学研究员报告了丝状噬菌体Pf在铜绿假单胞菌感染中的作用。研究发现，Pf存在于超过50%的临床和环境分离株中，能显著增强细菌的致病性，其机制在于维持生物膜完整性，从而提升抗生素耐药性和感染持久性。同时，Pf还通过物理屏障和噬菌体防御基因的表达，削弱外源噬菌体的治疗效果。这一发现提示，在开发噬菌体疗法时需充分考虑温和噬菌体对疗效的干扰。
噬菌体疗法的临床转化探索，谭新副研究员，中科院深圳先进技术研究院
谭新副研究员分享了噬菌体疗法从个案应用到标准化临床研究的转化探索。团队已完成30例临床治疗，积累了安全性和有效性数据，大部分患者在微生物学指标上得到改善。但因制剂差异，现有证据等级仍有限。为此，团队针对鲍曼不动杆菌和铜绿假单胞菌建立了成分明确、质量可控的标准化噬菌体制剂，并在部分病例中应用。下一步，他们计划开展更大规模的标准化队列研究，以推动噬菌体疗法的循证化和临床可及性。
议题3：细菌与噬菌体“军备竞赛”（主持人： 谢建平研究员-西南大学，陈美容副教授-中国药科大学）
细菌磷硫酰化防御系统与噬菌体的博弈，王连荣研究员，深圳市儿童医院
王连荣研究员系统介绍了细菌DNA磷硫酰化修饰介导的多类防御系统，包括DndABCDE-DndFGH、SspABCD-SspE及TdpABC等，并深入解析了其作用机制。同时，王连荣研究员报告了噬菌体的对抗策略，如噬菌体JSS1_004元件能够广谱拮抗多种防御系统，以及噬菌体通过DNA超修饰逃避宿主免疫的最新发现。这些研究揭示了细菌与噬菌体之间复杂的博弈关系。
Mechanistic insights into reverse transcriptases in anti-phage defense，贾宁副研究员，南方科技大学
贾宁副研究员团队发现了一种由逆转录酶和非编码RNA共同介导的新型抗噬菌体免疫策略。细菌利用逆转录酶产生大量长链非编码cDNA，这些分子富含poly(A)重复序列，能够扣押噬菌体复制所需的SSB单链结合蛋白，从而阻断噬菌体复制。该成果拓展了对细菌免疫多样性的认识，也为基于DRTs的新型生物工具研发提供了理论基础。
细菌NicCBA防御噬菌体DNA复制机制研究，刘晓晓副研究员，广东省人民医院
刘晓晓副研究员报告了细菌NicCBA核酸酶系统在限制噬菌体DNA复制中的作用。研究发现，Mu-like原噬菌体能抵御丝状噬菌体PfSo1感染，其中NicA形成独特的十聚体结构，专门靶向噬菌体DNA而不损伤宿主，NicC则具有一定毒性。研究揭示了该系统通过操纵子动态调控实现病毒中和，为理解抗菌核酸酶的进化提供了新见解。
碱基修饰核苷酸介导细菌免疫信号通路，韩文元研究员，华中农业大学
韩文元研究员介绍了孔明（Kongming）系统—一种基于碱基修饰核苷酸的抗噬菌体免疫通路。该系统可借助噬菌体自身的脱氧核苷酸激酶活性，合成dITP作为第二信使，从而触发免疫防御。噬菌体则通过耗竭宿主dAMP以抑制该通路。研究开拓了第二信使研究的新领域，丰富了原核免疫信号网络的认识。
新型细菌防御系统的机制解析，余雅梅副研究员，四川大学
余雅梅副研究员系统介绍了多种新型细菌防御系统的分子机制。她团队解析了“哪吒”系统在噬菌体入侵后通过降低胞内 NAD⁺ 水平来快速清除噬菌体的机制，并揭示噬菌体可通过自身合成NAD⁺以实现逃逸（Nature 2024）。在“海力布”系统研究中，发现其由 DUF4297-HerA 复合物组成，兼具ATPase和核酸酶活性，能够区分宿主与噬菌体基因组并触发“abortosome”样防御反应（Mol Cell 2025）。这些结果不仅说明了防御系统与真核细胞免疫复合物（如NLRP3炎性小体）的进化联系，也为开发新型抗噬菌体策略和工程化噬菌体工具提供了实验基础。她强调，数百种尚未深入研究的防御系统可能是未来的“分子宝库”，有望为解决耐药菌感染提供新的突破口。
细菌防御噬菌体免疫基因的发现和功能研究，吴敏研究员，国科大温州研究院
国科大温州研究院的吴敏研究员介绍了细菌免疫的基本概念，并通过讲述AcrCRISPR13抗噬菌体系统的发现，IncRNA与miRNA之间互作，ABX2-ABX3防御系统的发掘，及mRNA疫苗的开发等故事，说明了RNA在细菌抗噬菌体免疫中的重要性。
议题4：肠道噬菌体与噬菌体组（主持人： 马迎飞研究员-中科院深圳先研院，段屹教授-中国科学技术大学）
肠道噬菌体与人体健康，左涛研究员，中山大学附属第六医院
在人类肠道中，噬菌体是最丰富的病毒群体之一。中山大学附属第六医院的左涛研究员指出，肠道噬菌体作为肠道微生态的重要组成部分，深刻影响着健康与疾病。他强调，肠道病毒组在地理、人群、饮食和生活方式等维度差异巨大，功能效应多样而复杂。目前粪菌移植（FMT）和粪病毒移植（FVT）的临床探索逐渐增多，提示未来有望通过精确的噬菌体干预，实现肠道相关疾病的精准治疗。
顽固性功能性便秘病因学和临床噬菌体疗法研究，陈鑫研究员，南京大学
南京大学的陈鑫研究员则从临床出发，聚焦顽固性功能性便秘（IFC）。他团队在患者中鉴定出一种致病菌 Shigellia sp. PIB，能够定植结肠并分泌二十二碳五烯酸（DPA），抑制结肠动力引发便秘。针对这一菌株制备的噬菌体制剂在小鼠模型中有效清除PIB并改善症状，初步临床试验也显示部分患者症状明显缓解且未复发，为功能性便秘的治疗提供了全新思路。
AI驱动的人体噬菌体组数据分析与功能探究，梁冠翔研究员，清华大学
在大数据与人工智能方面，清华大学的梁冠翔研究员介绍了AI驱动的前噬菌体分析工具 PIDE。该工具结合蛋白质语言模型与基因密度聚类算法，可精确识别前噬菌体边界。在4744个人类肠道基因组测试中，发现 24,467个前噬菌体，展现了巨大的功能潜力。作为开源工具（https://github.com/chyghy/PIDE），PIDE将推动肠道噬菌体组数据的深度挖掘和应用。
细菌生物材料用于重大疾病治疗，郑迪威研究员，中国科学院过程工程研究所
郑迪威研究员长期致力于利用材料学和化学方法改造天然细菌，构建活性微生物材料。他指出当前微生物药物存在适应性弱、靶向性不足等问题，并系统介绍了课题组搭建的微生物材料平台，用于恶性肿瘤及代谢性疾病治疗。郑迪威研究员团队开发了基于银纳米粒子的口腔黏膜黏附性凝胶，可有效调控消化链球菌水平、改善 CD8⁺ T 细胞浸润，并实现口腔肿瘤治疗；针对具核梭杆菌，改造噬菌体赋予其抗菌与靶向功能，有效抑制肠癌；同时构建了人造菌群并采用微球包埋，实现肠道精准定位。最后，郑迪威研究员介绍了噬菌体材料在难治性中耳感染中的应用进展。
破解病毒暗物质：关键蛋白语言模型与肠道噬菌体库的双轨策略，邢博，华大基因
华大基因的肖敏凤研究员团队的邢博分享了破解“病毒暗物质”的双轨策略。一方面，团队建立了肠道噬菌体资源库，分离鉴定出 104株噬菌体，覆盖17种优势或疾病相关肠道细菌，并发现了4个新型 crAss-like 噬菌体；交叉感染实验显示其宿主特异性极高，74%噬菌体仅能感染同种内不同株系，26%仅限于单株。另一方面，团队利用关键蛋白语言模型（PLMs）构建了 Viral Host Hunter (VHH) 框架，在噬菌体宿主预测中达到 95%的准确率，并将噬菌体宿主分配率从28.66%提升至62.66%。研究还建立了一个包含 117,698个噬菌体溶菌酶的大型数据库，部分已在代谢性疾病相关菌株中验证了抑菌效果。
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